El proceso de diseño de un circuito digital utilizando una matriz lógica programable puede descomponerse en dos etapas básicas:
1. Dividir el circuito en bloques básicos, asignándolos a los bloque configurables del dispositivo.
2. Conectar los bloques de lógica mediante los conmutadores necesarios.
Para ello el fabricante proporciona las herramientas de diseño adecuadas.
1. Bloques lógicos, cuya estructura y contenido se denomina arquitectura. Hay muchos tipos de arquitecturas, que varían principalmente en complejidad (desde una simple puerta hasta módulos más complejos o estructuras tipo PLD). Suelen incluir biestables para facilitar la implementación de circuitos secuenciales. Otros módulos de importancia son los bloques de Entrada/Salida,
2. Recursos de interconexión, cuya estructura y contenido se denomina arquitectura de rutado.
3. Memoria RAM, que se carga durante el RESET para configurar bloques y conectarlos.
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